1982’de kurulan Van Belediye spor, 2003 yılında Vanspor’un küme düşüşünden beri profesyonel liglerden takımı olmayan Van ilinin hasretini dindirmek için 2004 yılında 3. Lig yükselme gruplarına kırmızı-mavi renklerle katıldı. Van Belediyespor İki başarısız denemeden sonra nihayet 2006 yılında 3. lige terfi etti.
3. Lig 1. Grupta adını ve renklerini değiştiren Van Belediyespor, Belediye Vanspor adıyla kırmızı-siyah renklere dönüşerek, mücadele etmiş ve 2007-2008 sezonunda grubunda şampiyon olarak 2. Lig’e çıkmıştır. 2010-2011 sezonu sonunda tekrar 3. Lig’e düşmüştür.
2011-2012 sezonu itibarıyla, Van Depremi nedeniyle iç saha maçlarını İstanbul’da oynadı. 2012-2013 sezonunu yıkılan Van Atatürk stadının yerinde yapılan 2000 kişilik stadda oynamaktadır.
9 Mart 2014 tarihinde yapılan genel kurul sonucunda Belediye Vanspor olan kulübün ismi Van Büyükşehir Belediyespor olarak değiştirilmiştir.
2018-19 3. Lig 2. grupta yer alan Van Büyükşehir Belediyespor Feyyaz Uçar ile başladığı sezonda 17. haftanın ardından Hasan Erkin Şimşir yönetiminde ligde mücadele etti. 34 maçta 16 galibiyet, 12 beraberlik ve 6 mağlubiyet aldı. 60 puan toplayarak grubunu 3. tamamladı ve play-off oynamaya hak kazandı. Play-off yarı finalinde Karşıyaka’yı 0-0 ve 2-1’lik maçlar sonucunda eledi. Eryaman Stadyumunda oynanan final maçında Esenler Eroksporla karşılaşan Van Büyükşehir Belediyespor, Batuhan Er’in 13. dakikada attığı golle 1-0 öne geçti Efe Can Çölbekler’in 76. dakikadakı golüyle rakip takım eşitliği yakaladı. Maçın 88. dakikasında Batuhan Er’in penaltı golü ile 2-1’lik üstünlüğü yakalayan Van Büyükşehir Belediyespor 8 sezonun ardından 2. Lig’e yükseldi.
2019-20 sezonu öncesinde Kulübümüz olağanüstü kurul kararı ile Van Büyükşehir Belediyesi bünyesinden çıkarak Vanspor Futbol Kulübü adını aldı ve logosunu da buna uygun olarak değiştirdi.